تعتبر مؤسسة مارمرقس لدراسات التاريخ القبطى، إحدى المؤسسات التعليمية الهامة في الكنيسة الأرثوذكسية، حيث أسسها الدكتور فوزي إسطفانوس والدكتور جودت جبرة عام" 1998م.
وحظيت المؤسسة برعاية قداسة البابا شنودة الثالث، ثم رعاية ورئاسة قداسة البابا تواضروس الثانى.
وتهدف المؤسسة لدراسة وتجميع ونشر وتوثيق التراث القبطي، ومساعدة الباحثين في مجال الدراسات القبطية سواء في مجال الآثار، أو التاريخ، أو اللغة، أو العمارة، أو تاريخ الفن.
وخلال مسيرة المؤسسة لأكثر من عشرين عامًا، ساهمت بالعديد من الإصدارات المحلية والعالمية باللغتين العربية والإنجليزية، من تأليف وإعادة طبع وترجمة لحوالي 25 كتابًا.
وعلى صعيد المؤتمرات العلمية عقدت المؤسسة ثلاثة عشر مؤتمرًا؛ 9 مؤتمرات دولية و3 مؤتمرات محلية، كما نظمت "المؤتمر الدولي للقبطيات" عام 2008م، وتم نشر جميع هذة المؤتمرات.
